La pandemia ha accentuato la resistenza dei batteri agli antibiotici: negli Usa, nel 2020, si è registrato un aumento del 15% delle infezioni e dei decessi dovuti a patogeni antibiotico-resistenti, secondo un rapporto realizzato dai Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Il rapporto ha elaborato i dati relativi alle infezioni dovute a batteri resistenti nel primo anno di pandemia, constatando che nel 2020, più di 29.400 persone sono decedute a causa di un'infezione antibiotico-resistente; nel 40% dei casi l'infezione è stata contratta in ospedale.
 
Per i ricercatori è probabile che il Covid-19 abbia giocato un ruolo importante. Dalla rilevazione, per esempio, è emerso un aumento significativo nell'uso di antibiotici: l'80% dei pazienti ricoverati per Covid tra marzo e ottobre 2020 ha ricevuto un antibiotico. Ad alimentare le infezioni resistenti, potrebbe essere stato l'enorme numero di persone che l'infezione da SarsCov2 ha portato per lunghi periodi in ospedale e in terapia intensiva, con un aumento del rischio di contrarre batteri resistenti.
 
L’Organizzazione mondiale della sanità, per contrastare quella che definisce una "pandemia silenziosa", chiede urgentemente di "accelerare le sperimentazioni per i vaccini correlati alla resistenza antimicrobica che si trovano in fase avanzata di sviluppo e massimizzare l'uso di quelli esistenti".
 
Al momento sono disponibili vaccini contro quattro patogeni batterici prioritari: malattia da pneumococco (Streptococcus pneumoniae), Hib (Haemophilus influenzae tipo b), tubercolosi (mycobacterium tuberculosis) e febbre tifoide (Salmonella Typhi).